Johor Lama terkenal dengan kesan-kesan sejarahnya yang memancarkan peristiwa kesinambungan kerajaan Kesultanan Melayu Melaka pada Kerajaan Kesultanan Melayu Johor. Malah sejak tewasnya Melaka kepada Portugis dalam tahun 1511, Kerajaan Johorlah mengambilalih peranan yang pernah dimainkan oleh Melaka sebelum ini. Kerajaan Johor juga merupakan satu-satunya kerajaan di Tanah Melayu yang berupaya menentang Portugis. Tambahan pula Sultan Alauddin yang menjadi Sultan Johor pertama adalah putera kepada Sultan Mahmud, Sultan Melaka yang terakhir. Oleh itu tugas menentang penjajah Portugis menjadi tanggungjawab ke atas pemerintah-pemerintah Johor kemudiannya.
Johor Lama yang dijadikan pusat pemerintahan Kesultanan Johor itu mempunyai kesan-kesan sejarah yang penting untuk dihayati. Di antaranya ialah Kota Batu yang telah menjadi benteng pertahanan menentang Portugis. Kota ini telah dibina oleh Sultan Alauddin Riayat Shah II, Sultan Johor Kedua (1528-1564) pada tahun 1540 sebagai Pusat Pentadbiran Kerajaan Johor. Kota Batu ini dibina di atas sebuah puncak bukit di tebing kiri menghilir Sungai Johor. Sebahagian daripada tembok kota terletak di sebuah tanjung yang curam dan dikenali sebagai Tanjung Batu. Bentuk kota bersegi empat dengan panjangnya 50 meter dan lebar 20 meter ini mengandungi beberapa buah penjuru yang dibina khusus untuk strategi pertahanan. Benteng kota ini diperbuat daripada ketul-ketul batu pejal yang pada bahagian atasnya ditambak dengan tanah serta dilengkapi dengan senjata dan meriam.
Pada tahun 1564, Kota Batu telah diserang dengan hebat oleh Acheh yang berjaya menawannya. Sultan Alauddin II dibawa ke Acheh dan baginda mangkat di sana. Untuk beberapa ketika Sultan Johor yang dilantik terpaksa bernaung di bawah Acheh. Setelah Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Riayat Shah iaitu Sultan Johor kelima menaiki takhta kerajaan, baginda telah mengambil daya usaha membaiki kembali Kota Batu yang rosak dalam serangan Acheh dan menjadikannya sebagai pusat pemerintahan. Kedudukan Johor Lama sebagai pusat perdagangan Melayu yang penting pada ketika itu telah menjejaskan pusat perdagangan Portugis di Melaka. Ini menyebabkan pada tahun 1576 dan 1578 Kota Batu diserang oleh Portugis dari Melaka tetapi telah dapat dapat ditewaskan.
Pada tahun 1586, Portugis sekali lagi menyerang tetapi kali ini belum sempat sampai ke Kota kerana pertempuran berlaku di Sungai Johor dan askar Portugis terpaksa mengundur balik ke Melaka. Pada tahun 1587, baginda Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Riayat Shah telah mengerah satu angkatan perang yang besar dan menyerang Portugis di Melaka, namun disebabkan kekebalan kota A Famosa, Portugis tidak dapat ditewaskan. Ekoran daripada itu Portugis menyerang balas Kota Batu dan Johor Lama, namun ia dapat dipertahankan oleh pahlawan-pahlawan Sultan Ali. Pada akhir tahun 1587, pihak Portugis dengan bantuan askar-askar dari Goa, India telah menggempur Kota Batu dengan hebatnya menyebabkan kota ini tertewas. Sultan Ali Jalla Abdul Jalil dan pengikutnya berundur dan mendirikan pusat pemerintahan yang baru di Batu Sawar. Dan semenjak itu juga Kota Batu telah luput kepentingannya sebagai kota penting kerajaan Melayu Johor. Johor Lama yang dulunya pernah menjadi pusat pentadbiran sebuah Kerajaan kini kekal dalam kenangan sebagai payung peradaban warisan sebuah Kesultanan iaitu Kesultanan Melayu Johor pada akhir abad ke-16.
Sumber:ArkibNegara
